Zhoršujúca sa hospodárska situácia Banskej Belej bola podnetom pre jej spojenie s Banskou Štiavnicou vo februári 1788. Do 100 – členného voleného zastupiteľského zboru bolo navrhnutých 80 zástupcov Banskej Štiavnice a 20 Banskej Belej. Nový erb vznikol kombináciou erbov oboch miest. Ojedinelý administratívneho – správny územný celok pretrval až do roku 1848. druhý krát sa mestá spojili v r. 1867 a trvalo to až do 50 – tych rokov 20. storočia.
Reformy panovníkov v druhej polovici 18.storočia zasiahli hospodársku, školskú, kultúrnu i duchovnú sféru mesta. Banská Štiavnica prežívala svoj zlatý vek. V rámci Uhorska získala prvenstvo v oblasti baníctva, hutníctva, školstva či vedy. V nastupujúcom novom spoločenskom systéme sa Banskej Štiavnici darilo udržať výnimočné postavenie iba čiastočne – v oblasti školstva a riadenia baníctva. V Banskej Štiavnici bola zariadená i pradiareň bavlny a tlačiareň. Remeselnú výrobu naďalej zabezpečovali cechy – zlatnícky, či striebornícky. Prosperovalo aj fajkárstvo a zvonolejárstvo.
Tolerančný patent z 29. októbra 1781 umožnil, že v mete začala pôsobiť evanjelická cirkev augsburgského vyznania. K zmenám došla aj vo farskom obvode katolíckej cirkvi. Národno – uvedomujúci proces sa v Banskej Štiavnici vzhľadom na zložitú národnostnú štruktúru šíril len pozvoľna. Rokovacím jazykom ostávala nemčina, v korešpondencii aj latinčina. Mestská správa umožňovala aj používanie slovenského jazyka.
V národnostnej skladbe obyvateľstva mali prevahu Slováci zastupujúci banské a hutnícke robotníctvo a remeselnícky stav. Väčšie zastúpenie mali i maďarskí a nemeckí študenti. Nemčina ostala aj počas revolúcie 1848 – 49 rokovacím jazykom hospodárskej komisie mesta. Na začiatok maďarizácie reagovala slovenská inteligencia v meste a okolí založením Učenej spoločnosti banského okolia v roku 1810. Zameriavala sa na národno – uvedomovací proces, vlastivedný výskum a popularizáciu nových metód v priemysle a poľnohospodárstve. Okrem toho začala budovať knižnicu. Reformy Habsburgovcov v druhej polovici 18. storočia, či revolučné pohyby v Európe priniesli nové myšlienkové prúdy. Banská Štiavnica bola považovaná za jedno z centier Bratstva ruže a kríža, ktoré sa malo spojiť so slobodnými murármi. Členmi bratstva boli lekári, lekárnici, prírodovedci, hľadajúci spôsob premeny obyčajných kovov na drahé.
Vplyvom osvietenských reforiem sa posilnila meštianska vrstva zastúpená remeselníkmi, kupcami, úradníkmi. Z mesta sa vytrácali rodiny banských podnikateľov. Nahradili ich bohatí kupci, remeselníci, či šľachtici. Spoločensky vážené rodiny boli napr. Belháziovci, Gerambovci, Krečmáriovci, Oberaigurovci, de Addovci.
Zmeny nastali aj v spoločenskom živote mesta. Koncom 18. storočia sa v meste vystriedalo viacero divadelných kočovných spoločností. Miestom spoločenských stretnutí sa stala sála v Maršalkovskom dome a priestory domu Fortuna pri Banskobelianskej bráne. Divadlá sa hrávali tiež v Oberaignerovom dome. Krátky čas v meste pôsobilo Meštianske slovenské divadlo. Koncom storočia vznikla nová sála v areáli Horného majera. Mešťania a študenti sa schádzali v obľúbených kaviarňach Ku zlatému kahancu, v zjazdovom hostinci u Hrozna, v Casine.
V 19. storočí mesto postihli závažné udalosti, ktoré ovplyvnili jeho hospodársky vývoj. V máji 1806 mesto zachvátil požiar. Zhorelo 85 domov, bol poškodený Kammerhof i nemecký kostol. Ďalší požiar v roku 1851 postihol evanjelické lýceum. V roku 1831 mnoho obyvateľov mesta vyhubila tzv. ruská cholera. Hospodárstvo monarchie bolo v zlej situácii, na čo v rokoch 1808 -1813 baníci a hutníci reagovali petíciami a štrajkami.
V revolučných rokoch 1848 – 49 štiavnickí baníci žiadali pravidelné vyplácanie miezd a podpôr počas choroby, zníženie cien potravín. Protihabsburskí revoluční komisionári ich zaradili do „nepriateľských skupín bez vzťahu k novej revolúcii” a v máji 1848 proti nim použili vojenskú silu.
Revolučné hnutia boli vyvrcholením krízy feudálneho zriadenia v Európe. V Uhorsku sa boj meštiansko-šľachtickej opozície sústredil na zvrhnutie vlády Habsburgovcov. V polovici 19. storočia národnobuditeľské inštitúcie rozvíjali národné povedomie, záujem o vlastnú históriu, jazyk, kultúru. Zavádzanie maďarčiny ako vyučovacieho jazyka zapríčinilo odchod mnohých nemeckých a slovenských študentov z evanjelického gymnázia na iné školy.
Reakciou na novú revolučnú situáciu bolo okrem iného sformovanie sa národnej revolučnej gardy. V období revolúcie mesto riadil richtár a mešťanosta. Na podnet maďarskej vlády do mesta prišiel Hontiansky župan Peter Géci, ktorý podporoval utváranie revolučnej gardy. Jeho pomocníka Ľudovíta Benického pobúrili protirevolučné letáky, ktoré sa rozširovali po meste. Preto začal reorganizovať dovtedajší systém obrany banských miest.
V novembri a decembri r. 1848 sa objavili správy o pohybe vojsk cisárskych veliteľov Windischgrätza a Šimuniča smerom na Stredné Slovensko. Do bojov s nimi v Turci presunuli v októbri 1848 štiavnickú gardu pod vedením Adama Heinza. Ďalších mužov presunuli ku Trenčínu pod vedením Eugena Záreckého.
Región Banskej Štiavnice napadli cisárske vojská z viacerých smerov. V období od 13. do 21. januára 1849 bolo v meste 6720 pešiakov, 500 jazdcov, 258 delostrelcov, 130 vojakov štábu a 708 koní. Vo vojenských operáciách v blízkosti Banskej Štiavnice sa obe strany dopúšťali taktických chýb a situáciu zhoršovalo zimné počasie. Do 18. apríla bolo mesto v rukách cisárskych vojsk, potom major Herman spolu s Benického gardou obsadili mesto. Ubytovanie vojsk Banskú Štiavnicu finančne vyčerpalo. V lete boli revolučné vojská definitívne vytlačené cisárskymi. Situáciu skomplikovala šíriaca sa cholera, ktorá postihla mnohých vojakov.
Revolúcia skončila prehratou bitkou pri Világoši. V meste sa zaviedlo úradovanie v nemčine a slovenčine. Banská Štiavnica revolúciu uzatvorila v októbri 1849, keď boli na Námestí sv. Trojice spálené Košútove revolučné zmenky a bankovky. V Banskej Štiavnici boli po vytlačení revolučných vojsk zbavení funkcie richtár Antalfi, hlavný notár Alman, stavebný inšpektor Wagner, štvrťmajster Rauch a to kvôli podpore revolúcie. Podobné obvinenia postihli i mnohých študentov a vážené zámožné rodiny.
Revolúciou 1848-49 sa skončilo obdobie poddanstva. Banská Štiavnica stratila Vyhne, Bzenicu a Banskú Belú. Úradnou rečou sa stala nemčina. V správe mesta boli ustanovené nové úrady – lesný, stavebný, sirotský a kapitánsky. Po neúrode v r. 1851 sa vplyvom zlého zásobovania a problémov s novým spôsobom riadenia baníctva zhoršilo sociálne postavenie obyvateľstva.
V čase od 6. júla do 8. júla 1852 mesto navštívil cisár František Jozef I. Ubytovaný bol v Kammerhofe. Absolvoval prehliadku banských, hutníckych a úpravníckych zariadení a sakrálnych objektov. Počas návštevy riešil situáciu nespokojných baníkov – uväznených rozkázal prepustiť, nariadil vyplácať mzdy v dvojtýždňových termínoch.
Zavedením dočasného zriadenia verejnej správy v októbri 1849 sa skončila doba slobodného kráľovského banského mesta. V Banskej Štiavnici vznikli nové štátne úrady pre súdnictvo, daňovníctvo a školstvo s právomocami, ktoré dovtedy prináležali mestu. Úradným jazykom sa stala maďarčina.
V zmysle zákona č. 42/1870 spojené mesto Banská Štiavnica a Banská Belá začlenili medzi municipálne mestá, vyňaté spod právomocí žúp a podriadené uhorskému ministerstvu vnútra. Podľa zákona č. 21/1886 vznikla nová štruktúra orgánov mesta. Ich rozhodnutia podliehali schváleniu ministerstva vnútra.
Zákonmi č. 243 a 275/1922 Zb. z. bolo u Banskej Štiavnici zrušené postavenie municipálneho mesta. Spojené mesto Banská Štiavnica a Banská Belá bolo prehlásené za veľkú obec, prihliadnuc na historický význam označovanú za mesto. 1. januára 1923 po novom územnosprávnom a administratívnom členení sa Banská Štiavnica zaradila do novozriadeného banskoštiavnického okresu.
V druhej polovici 19. storočia poklesli ceny striebra a banské prevádzky slabšie vynášali. Baníctvo, hutníctvo, tabakový a textilný priemysel zamestnávali najviac obyvateľov Banskej Štiavnice. Technický pokrok ovplyvnil hospodársky život mesta, cechy nestačili konkurovať novej organizácii výroby. V roku 1872 v celom Uhorsku zanikli. Mesto malo zastúpenie v krajinskom sneme, funkciu poslanca zastával banský riaditeľ Anton Péch. Podľa štatistických údajov z roku 1922 sa v meste evidovalo 22 osvetových, 7 politických a 8 hospodárskych spolkov a spoločností.
Udalosti I. svetovej vojny sa priamo dotkli Banskej Štiavnice. Augustovou mobilizáciou v roku 1914 odišli na front desiatky obyvateľov mesta. Už v októbri 1914 vzrástli ceny, v novembri bol nedostatok chleba, v máji 1915 už zastupiteľstvo konštatovalo biedu v meste. Zvyšovali sa dane, zavádzali sa drahotné príspevky, obyvateľstvo bolo nútené k upisovaniu vojnových pôžičiek. Výrobné podniky museli pre potreby vojska odovzdávať farebné kovy (v roku 1916 Továreň na tabak musela odovzdať medené kotle a rôzne súčasti strojov). Kríza vyvrcholila na prelome rokov 1917 – 1918. od októbra 1918 sa vracali späť demobilizovaní vojaci.
Skončenie I. svetovej vojny a utváranie samostatnej ČSR malo v meste dramatický priebeh. Maďarskí predstavitelia miestnej správy odmietli akceptovať novú štátoprávnu situáciu. V decembri pod tlakom postupujúcich československých vojsku začali do Maďarska sťahovať majetok Banskej a lesníckej akadémie, Bratskej pokladnice, muzeálne predmety a archívne písomnosti Mestského múzea a archívu. Situáciu vyriešil príchod vojska do Banskej Štiavnice začiatkom januára 1919.
Proces utvárania nových štátoprávnych a verejných ustanovizní začiatkom júna 1919 prerušil postup vojsk Maďarskej červenej armády. 6. júna obsadili Banskú Štiavnicu. Mesto začalo riadiť trojčlenné direktórium pod vedením Alexandra Bátoriho. Direktórium vyhlásilo znárodnenie. Pod tlakom vojsk generála Šnejdárka revolučná armáda opustila mesto 10. júna. Znovu sa ustanovili orgány novej ČSR.
Ustanovená štátna a verejná správa začala občiansky život v meste stabilizovať. Na uvoľnené miesta v štátnej a verejnej správe, hospodárstve a strednom školstve prichádzali odborníci z Čiech. V novembri 1922 museli všetci zamestnanci Magistrátu mesta absolvovať kurz slovenského jazyka. Iróniou bolo, že jeho výučbu často vykonávali učitelia z Čiech. Presťahovaním časti obyvateľstva do Maďarska sa zmenila národnostná štruktúra mesta. V roku 1922 sa k slovenskej národnosti hlásilo 87,9 % obyvateľov mesta, k maďarskej 10,2 %, nemeckej 1,7 % a ruskej 0,02 %.